La ASIP está conducida por tres organismos de Gobierno: el Consejo Deliberante, el Consejo Directivo y la Secretaría Ejecutiva.
El Consejo Deliberante está formado por todos los países que han organizado sus Asociaciones Nacionales de Presupuesto Público locales, compuestas por los profesionales ó técnicos que trabajan en el área presupuestaria y de administración financiera y por los Directores de Presupuesto. Se reúne en Asambleas Generales ordinarias y extraordinarias para definir la orientación general de las políticas de la Asociación.
Sus autoridades son elegidas por los representantes de los países miembros cada dos años.
El Consejo Directivo es el que tiene a su cargo la elaboración de políticas y su ejecución, después de su aprobación por la Asamblea General, y es responsable de la dirección y administración de la ASIP en todos sus aspectos. Sus autoridades son elegidas por los países miembros cada tres años.
La Secretaría Ejecutiva, con su Sede Permanente en la ciudad de Buenos Aires, está a cargo de la implementación del plan de actividades, la ejecución de los presupuestos anuales aprobados y cualquier otra directiva emanada del Consejo Directivo. El Secretario Ejecutivo es designado por el Consejo Directivo.